La etiqueta canonical es proyecto que han realizado los tres grandes buscadores (Google, Yahoo! Y Bing) para manejar la duplicación de contenido dentro de las páginas web. A veces por la estructura del sitio, se generan varias direcciones o url con el mismo contenido, algo que resulta dañino para el posicionamiento web de un sitio. La solución que los tres buscadores respetan es la etiqueta canonical que cuando se coloca en la parte del <head> de una hoja, eso señala a los buscadores que este es el único url que tienen que indexar y presentar en los resultados y el resto de los url con el mismo contenido no deben ser indexados ni presentados en los resultados de búsqueda pero que por otro lado tampoco son necesariamente spam.
Este mismo problema de duplicación de contenido ocurre con sitios que cambian de dominio y que su servidor no permite el re-direccionar. Cuando alguien cambia de dominio y quiere presentar el mismo contenido del sitio viejo en el nuevo sitio, normalmente hay que hacer re direccionamiento tipo 301 y de esta manera cada usuario que llega al sitio anterior se re-direcciona al nuevo sitio, casi sin sentir el cambio, y allá ve el mismo contenido que vio en el sitio anterior. Hay veces que el servidor no permite esta operación y en estos casos lo que se hacía hasta hoy era colocar un aviso,: “ven a visitarnos en nuestro nuevo sitio http://www.ejemplo.com/”. Y el nuevo sitio contaba con el mismo contenido del anterior. Eso creaba una situación donde los dos sitios tenían un contenido idéntico, lo que daña el SEO de la página.
Como solución a eso, ahora se puede usar la etiqueta canonical en el sitio nuevo para señalar a los buscadores cual es el url que se tiene que indexar y presentar en los resultados de búsqueda y que no ha sido generado como spam.
En el centro para webmasters de Google puede leer más sobre el tema y como colocar esta etiqueta.